Kisah anime ini berlatar tahun 2027, satu tahun setelah berakhirnya perang non-nuklir keempat. Kota Pelabuhan Baru masih terguncang akibat perang ketika kota itu mengalami pemboman yang disebabkan oleh ranjau darat. Kemudian, seorang anggota militer yang terlibat dalam suap perdagangan senjata ditembak mati.

Selama penyelidikan, Daisuke Aramaki dari Bagian Keamanan Publik bertemu dengan Motoko Kusanagi, peretas tingkat penyihir cyborg yang ditugaskan ke Unit Rahasia ke-501 militer. Batou, seorang pria dengan "mata yang tidak pernah tidur," mencurigai bahwa Kusanagi adalah dalang di balik pemboman tersebut. Detektif Kepolisian Prefektur Niihama, Togusa, sedang menangani dua kasusnya sendiri, yaitu penembakan dan pembunuhan seorang pelacur. Motoko sendiri sedang diawasi oleh kepala Unit Rahasia ke-501, Kurutsu, dan agen cyborg.

(Sumber: ANN)