Midgar, akademi khusus perempuan, akan terkenal hanya karena tindakannya menerima siswa laki-laki pertama dan satu-satunya, Yuu Mononobe. Tetapi Midgar menonjol karena lebih dari itu: ini adalah sekolah eksklusif untuk sekelompok gadis yang dikenal sebagai D. Masing-masing dari mereka memiliki kemampuan yang sangat kuat dalam menghasilkan materi gelap dan memanipulasinya menjadi senjata yang ampuh.

Para D tidak ada dua puluh lima tahun yang lalu, dan baru muncul setelah sejumlah monster misterius dan destruktif yang dikenal sebagai "Naga" mulai muncul di seluruh dunia. Anehnya, sama mendadaknya dengan kemunculan mereka, mereka menghilang. Setelah kehancuran yang mereka timbulkan, beberapa gadis mulai lahir dengan simbol di tubuh mereka dan kekuatan yang mirip dengan kekuatan yang dimiliki oleh para Naga itu sendiri.

Sekarang para D bersekolah di sini, berharap untuk memanfaatkan kekuatan mereka melawan para Naga. Yuu adalah anggota terbaru mereka dan luar biasa karena menjadi satu-satunya D laki-laki yang diketahui keberadaannya. Sekarang dia harus menjalin hubungan dengan gadis-gadis di sekitarnya, termasuk saudara perempuannya yang telah lama terpisah dan juga bersekolah di sana, serta bekerja sama dengan mereka untuk menyelidiki dan menghilangkan ancaman Naga yang perkasa.