Ketika organisme ekstraterestrial yang dikenal sebagai "Savage" menyerang umat manusia, satu-satunya teknologi yang mampu melawan musuh adalah senjata yang dikenal sebagai "Hundred." Seorang penyintas serangan Savage, Hayato Kisaragi, adalah seorang remaja yang memiliki tingkat kompatibilitas tertinggi dengan teknologi tersebut dan sebagai hasilnya, diundang untuk mengasah keterampilannya di Little Garden, sebuah akademi militer bergengsi di atas kapal perang.

Selama pelatihan intensifnya untuk pertempuran yang akan datang, ia segera menarik perhatian beberapa teman perempuan dan terlibat dalam sejumlah insiden saat ia mencoba melawan makhluk-makhluk yang kini menghuni Bumi dan mengancam keselamatannya.

[Ditulis oleh MAL Rewrite]