Kini dengan Edens Zero, Shiki Granbell telah mengumpulkan Empat Bintang Bersinar. Dengan bantuan teman-teman barunya, Shiki akan mampu menembus Dragonfall—perbatasan Sakura Cosmos yang dipenuhi naga mekanik. Setelah itu tercapai, ia dapat melanjutkan pencariannya untuk menemukan dewi Ibu.

Sebelum kru Edens Zero dapat melanjutkan perjalanan mereka, mereka menyadari sebuah kapal perang misterius mengikuti mereka. Setelah mengetahui bahwa kapal tersebut—Belial Gore—milik Drakken Joe, Shiki dan krunya mencoba menyusup ke dalamnya, berniat untuk mencari tahu mengapa Alkemis Kegelapan mengejar mereka. Dalam prosesnya, Edens Zero disandera oleh bawahan Drakken.

Meskipun berada dalam situasi sulit, Shiki menolak untuk menyerah. Bekerja sama dengan teman-temannya, Shiki harus mengalahkan Alkemis Kegelapan jika ia ingin keluar dari Belial Gore hidup-hidup.

[Ditulis oleh MAL Rewrite]