Para gadis muda di Mitakihara dengan bahagia menjalani hidup mereka, sesekali melawan kejahatan, tetapi sebagian besar menjalani rutinitas sehari-hari mereka yang damai. Namun, Homura Akemi merasa ada yang salah dengan suasana yang luar biasa menyenangkan ini—meskipun yang lain tetap tidak menyadarinya, dia tidak bisa tidak curiga bahwa ada sesuatu yang lebih dari sekadar yang terlihat: seseorang yang seharusnya tidak ada saat ini hadir untuk ikut serta dalam aktivitas mereka.

Mahou Shoujo Madoka★Magica Movie 3: Hangyaku no Monogatari mengikuti Homura dalam perjuangannya untuk mengungkap kebenaran yang menyakitkan di balik keadaan misterius tersebut, saat dia dengan egois dan putus asa berjuang demi cintanya yang abadi dalam kesimpulan yang penuh keputusasaan dari kisah lima gadis penyihir ini.

[Ditulis oleh MAL Rewrite]