Madoka Kaname dan sahabatnya, Sayaka Miki, adalah siswi SMP biasa di kota Mitakihara. Namun suatu hari, mereka bertemu dengan makhluk aneh mirip kucing bernama Kyuubey, yang mengaku dapat mengabulkan satu permintaan mereka. Sebagai imbalannya, mereka akan menjadi gadis penyihir dan melawan kejahatan yang dilakukan oleh para penyihir. Seorang gadis penyihir veteran di daerah itu, Mami Tomoe, memutuskan untuk menunjukkan kepada mereka cara memburu penyihir, sementara siswi pindahan misterius, Homura Akemi, memperingatkan mereka untuk tidak menerima tawaran Kyuubey, meskipun ia menolak untuk mengatakan alasannya.

Namun, setelah menyaksikan kenyataan brutal dalam melawan penyihir, kedua gadis itu memutuskan bahwa mungkin lebih aman untuk menolak tawaran Kyuubey. Tetapi ketika seorang gadis penyihir lain tiba di kota dan Sayaka memutuskan untuk membuat permintaan untuk membantu orang yang dicintainya, keadaan dengan cepat memburuk ketika mereka dihadapkan dengan kebenaran pahit di balik kekuatan mereka dan harga tertinggi dari permintaan mereka.

[Ditulis oleh MAL Rewrite]