Setelah berhasil melarikan diri dari Museum Memori, Sayaka Miki kembali ke Kota Mitakihara dengan kabar yang meresahkan. Terganggu oleh apa yang telah ia ketahui, Sayaka mengungkapkan kepada Madoka Kaname dan Homura Akemi keberadaan Mami Tomoe—tetapi yang lebih penting—kebenaran yang mengganggu di balik keberadaan gadis-gadis penyihir. Meskipun mengetahui nasib kejam yang menanti mereka, ketiganya dengan cepat memutuskan untuk bekerja sama dan menyelamatkan Mami untuk selamanya.
Sementara itu di Kota Kamihama, Yachiyo Nanami memburu berbagai "rumor" untuk mencari Hotel Fendt Hope, markas besar Wings of Magius. Organisasi gadis penyihir itu adalah satu-satunya petunjuk Yachiyo dalam menemukan Iroha Tamaki, yang menghilangnya masih diselimuti ketidakpastian. Bertekad untuk menyatukan kembali Tim Mikazuki Villa, Yachiyo bersumpah untuk menghancurkan Wings of Magius dan menghentikan rencana jahat mereka.
Di tengah situasi yang bergejolak, ancaman dahsyat mendekat, menghadirkan konflik mengerikan yang akan membahayakan seluruh dunia.
[Ditulis oleh MAL Rewrite]
