Ilmuwan eksentrik Rintarou Okabe memiliki hasrat yang tak pernah habis untuk eksplorasi ilmiah. Bersama temannya yang linglung namun baik hati, Mayuri Shiina, dan teman sekamarnya, Itaru Hashida, Okabe mendirikan Laboratorium Gadget Masa Depan dengan harapan dapat menciptakan inovasi teknologi yang membingungkan jiwa manusia. Meskipun diklaim hebat, satu-satunya "gadget" penting yang diciptakan ketiganya adalah microwave yang memiliki kekuatan mistis untuk mengubah pisang menjadi cairan hijau.
Namun, ketika Okabe menghadiri konferensi tentang perjalanan waktu, ia mengalami serangkaian kejadian aneh yang membuatnya percaya bahwa ada lebih banyak hal di balik gadget "Microwave Telepon" daripada yang terlihat. Rupanya, ia mampu mengirim pesan teks ke masa lalu menggunakan microwave, Okabe semakin mendalami "mesin waktu", yang menarik kemarahan dan perhatian organisasi misterius SERN.
Akibat penemuan baru ini, Okabe dan teman-temannya berada dalam bahaya yang selalu mengintai. Sembari berupaya mengurangi kerusakan akibat penemuannya terhadap linimasa, Okabe berjuang tak hanya untuk menyelamatkan orang-orang yang dicintainya, tetapi juga untuk menjaga kewarasannya yang semakin terpuruk.
[Ditulis oleh MAL Rewrite]
