Ilmuwan gila eksentrik yang mengaku dirinya sendiri, Rintarou Okabe, kini telah berubah wujud dari dirinya yang dulu. Depresi dan trauma setelah gagal menyelamatkan temannya, Makise Kurisu, ia memutuskan untuk meninggalkan alter egonya sebagai ilmuwan gila dan hidup sebagai mahasiswa biasa. Dikelilingi oleh teman-teman yang hanya tahu sedikit tentang pengalaman perjalanan waktunya, Okabe menghabiskan hari-harinya mencoba melupakan kengerian petualangannya sendirian.

Saat bekerja sebagai resepsionis di sebuah forum teknologi kampus, Okabe bertemu dengan Maho Hiyajo yang pendek dan pemberani, yang kemudian ternyata menjadi penerjemah pada presentasi forum tersebut, yang dipandu oleh Profesor Alexis Leskinen. Di hadapan penonton yang tercengang, Alexis dan Maho memperkenalkan Amadeus—sebuah AI revolusioner yang mampu menyimpan ingatan seseorang dan menciptakan simulasi sempurna dari orang tersebut, lengkap dengan kepribadian dan keunikannya. Bertemu dengan Maho dan Alexis setelah presentasi, Okabe mengetahui bahwa keduanya adalah rekan-rekan Kurisu di universitas, dan mereka telah mensimulasikannya di Amadeus. Dipekerjakan oleh Alexis untuk meneliti perilaku simulasi tersebut, Okabe diberi kesempatan untuk berinteraksi dengan bayangan seorang sahabat yang telah lama hilang. Terjerat dalam masa lalu yang berbahaya, Okabe harus menghadapi kenyataan pahit dan dengan hati-hati bermanuver menghindari konsekuensi bencana yang datang dengan mengganggu aliran waktu alami.

[Ditulis oleh MAL Rewrite]