Saat Perang Dunia Kedua berkecamuk, Mahito remaja, yang dihantui oleh kematian tragis ibunya, dipindahkan dari Tokyo ke rumah pedesaan yang tenang di rumah ibu tirinya yang baru, Natsuko, seorang wanita yang sangat mirip dengan ibu anak laki-laki tersebut. Saat ia mencoba untuk menyesuaikan diri, dunia baru yang aneh ini menjadi semakin aneh setelah kemunculan seekor bangau abu-abu yang gigih, yang membingungkan dan mengganggu Mahito, menjulukinya sebagai "yang telah lama ditunggu-tunggu".