Ditetapkan beberapa bulan setelah peristiwa Mobile Suit Gundam Unicorn, ceritanya berfokus pada dua mantan Principality of Zeon Remnants, Mantan Pengembang Senjata Arlette Almage dan Mantan Pilot Uji Danton Hyleg. Keduanya disewa oleh tim peneliti Pasukan Federasi Bumi untuk menyelidiki sisa-sisa pangkalan asteroid Axis. Namun setibanya di sana, mereka bertemu dengan Cyber ​​​​Newtype, Quentin Fermo, yang mengemudikan mobile suit misterius, RX-78AN-01 Gundam AN-01. Tristan menyerang mereka karena alasan yang tidak diketahui.