Film kedua dari Seri Thunderbolt favorit penggemar yang telah lama ditunggu-tunggu. Bumi, delapan bulan setelah berakhirnya Perang Satu Tahun. Kapten Monica meluncurkan misi rahasia, "Operasi Thunderbolt," dan memilih Io untuk mengemudikan Atlas Gundam. Dia memimpin kapal pendarat penyerangan Spartan ke bagian lautan yang secara efektif dikendalikan oleh Aliansi Laut Selatan. Tujuan mereka adalah untuk mengamankan atau menghancurkan data Psycho Zaku, yang kini dimiliki Aliansi. Daryl, yang unggul dalam pertempurannya dengan Io, telah turun ke Bumi sebagai bagian dari sisa kekuatan Kerajaan Zeon. Ia juga diberi misi untuk mendapatkan informasi tentang Psycho Zaku. Berjuang bersama rekan-rekan barunya, Io bertemu Komandan Peer, komandan garnisun perbatasan Aliansi Laut Selatan. Di laut, di lapangan es, dan di antara hutan lebat, mobile suit Zeon, Federasi, dan Aliansi Laut Selatan saling bertarung. “Perang belum berakhir.”