U.C. 0097, satu tahun setelah pembukaan "Laplace's Box". Meskipun Piagam Abad Universal telah terungkap yang mengakui keberadaan dan hak-hak Newtypes, kerangka dunia belum banyak berubah. Konflik yang kemudian dijuluki "Insiden Laplace" ini diperkirakan berakhir dengan jatuhnya sisa-sisa Neo Zeon yang dikenal dengan sebutan Sleeves. Dalam pertarungan terakhirnya, dua mobile suit psiko-frame lengkap menunjukkan kekuatan di luar pemahaman manusia. Unicorn putih dan singa hitam disegel untuk menghilangkan bahaya ini dari kesadaran manusia, dan mereka sekarang harus dilupakan sepenuhnya. Namun, RX-0 Unicorn Gundam 03, yang menghilang dua tahun sebelumnya, kini akan muncul kembali di Bola Bumi. Seekor burung phoenix emas… bernama Phenex.