Di UC 0093, Federasi telah pulih dari kekalahannya dan telah membentuk unit pasukan khusus anti-kolonial baru untuk menghadapi pasukan pemberontak: Londo Bell. Di tempat lain di luar angkasa, Char Aznable muncul kembali dari persembunyiannya dengan menyatakan bahwa dia sekarang memimpin gerakan Neo-Zeon miliknya sendiri, dan bermaksud untuk memaksa emigrasi penduduk bumi ke luar angkasa dengan membawa kiamat.