Tahun 2314 M, dua tahun telah berlalu sejak kekalahan Innovades dan terungkapnya kejahatan A-Laws terhadap kemanusiaan. A-Laws telah dihapuskan dan infrastrukturnya diintegrasikan ke dalam Earth Sphere Federation Army. Namun, keterpaparan dunia terhadap Partikel GN telah membuat banyak orang bangkit sebagai Inovator Sejati. Makhluk Surgawi telah kembali ke bayang-bayang untuk membangun kembali dan diam-diam mengamati kedamaian masa kanak-kanak. Namun, sebuah penyelidikan yang ditinggalkan dari ekspedisi ke Jupiter 130 tahun yang lalu mendekati Bumi membawa krisis baru, yang mengancam seluruh umat manusia. Saat Celestial Being memulai misi terakhir mereka untuk menyelamatkan umat manusia dari ancaman yang tak terbayangkan, Gundam Meister Setsuna F. Seiei akan menemukan tujuan sebenarnya dari evolusinya sebagai seorang Inovator. Rencana Aeolia Schenberg telah memasuki tahap akhir...