Beberapa waktu yang lalu, dunia ini diciptakan oleh seorang gadis, dan kemudian dihancurkan olehnya berulang kali untuk melampiaskan rasa frustrasinya terhadap kenyataan. Gridman sang Hyper Agent, monster manusiawi yang dia ciptakan, Yuta Hibiki dan teman-temannya yang menyelamatkan hatinya. Yuta Hibiki baru saja menjadi siswa kelas dua SMA dan memutuskan untuk mengungkapkan perasaannya kepada teman sekelasnya, Rikka. Namun, kaiju tiba-tiba muncul dan mulai menyerang kota. Gridman kembali dari dimensi alternatif dan memberi tahu Yuta bahwa dunia dengan dimensi berbeda yang dulunya harmonis dengan cepat kehilangan keseimbangannya. Ketika naga merah Dyna Rex, pendukung Gridman bernama “Siswa SMP Neon Genesis”, dan penduduk dunia alternatif, Yomogi Asanaka dan teman-temannya muncul satu per satu, Yuta sekali lagi terjebak dalam krisis besar…